Päätarkoitus amikrotomin teräon leikata tasaisia, erittäin{0}}ohuita osia (tyypillisesti 0,5–60 mikrometriä paksuja) upotetuista biologisista tai teollisista näytteistä. Nämä leikkeet asetetaan sitten objektilaseille, värjätään ja tutkitaan mikroskoopilla.
Tärkeimmät sovellukset:
- Histologia (lääketieteellinen/biologinen tutkimus): Leikkaa ihmisen tai eläimen kudoksia (esim. maksa, iho, kasvaimet) sairauksien, kuten syövän, diagnosoimiseksi.
- Patologia: Kirurgisten biopsianäytteiden valmistelu nopeaa analyysiä varten leikkauksen aikana tai sen jälkeen.
- Kasvitiede: Kasvin varsien, lehtien tai juurien viipalointi solurakenteen tutkimiseksi.
- Neurotiede: Ohut aivokudoksen osien luominen hermoyhteyksien kartoittamiseksi.
- Materiaalitiede: Polymeerien, muovien, tekstiilien tai jopa kovien materiaalien, kuten luun tai hampaiden, leikkaaminen laadunvalvontaa varten.

